Incluir javascript en php

[aliza]

Muchas gracias rafaconpu, me has aclarado algunos detalles.
Tengo todo en el mismo fichero php. Y lo que hago es mostrar un formulario. Al pulsar el botón de enviar, lo que quiero es comprobar en la base de datos que no está e introducirlo, y en el caso de que esté mostrar un mensaje de alerta para ver si de verdad quieres o no insertarlo.
Alomejor hay una manera mejor que con javascript, pero no se me ocurría.