Acabo de solucionarlo el problema era con los operadores condicionales:
$ruta = $row_rds_galerias['ruta_carpeta_Galeria'] . 'images/'; // Ruta imagenes
$rutaThumbs = $row_rds_galerias['ruta_carpeta_Galeria'] . 'thumbs/'; // Ruta Thumbnails
$filehandle = opendir($ruta); // Abrir archivos imagenes
$filehandleThumbs = opendir($rutaThumbs); // Abrir archivos thumbnails
while ($file = readdir($filehandle) and $fileThumbs = readdir($filehandleThumbs)) {
if ($file != "." && $file != ".." & $fileThumbs != "." && $fileThumbs != "..") {
echo '<li> <a href="'. $ruta.$file .'" title=""> <img src="'. $rutaThumbs.$fileThumbs .'" width="72" height="72" alt="" /> </a> </li>';
}
}
closedir($filehandle); // Fin lectura imagenes
closedir($filehandleThumbs); // Fin lectura thumbnails