Si usás lightbox2, fijate en estos fragmentos de código del archivo lightbox.js:
Código PHP:
//....
start: function(imageLink) {
$$('select', 'object', 'embed').each(function(node){ node.style.visibility = 'hidden' });
//...
end: function() {
this.disableKeyboardNav();
this.lightbox.hide();
new Effect.Fade(this.overlay, { duration: this.overlayDuration });
$$('select', 'object', 'embed').each(function(node){ node.style.visibility = 'visible' });
//...
Dentro del paréntesis de ambos fragmentos, podrías agregar iframe de esta manera:
Código PHP:
$$('select', 'object', 'embed','iframe').
Con eso, harías lo que nativamente hace lightbox con esos elementos, es decir, ocultarlos.