Poniendole position absolute lo puedes cargar por encima. Para centrarlo en la pagina le das width y height fijos y le pones left:50%, height:50% y margin-left: -WIDTH/2; margin-top -HEIGHT/2;
donde WIDTH/2 lo has de poner numericamente y HEIGHT/2 también. Luego en la funcion que rellena los datos puedes poner un
document.getElementById('cuadros').style.display = 'none'
Para que al clicar sobre un cuadro se oculte.
Código PHP:
<div id="cuadros" style="display:none; position: absolute;left:50%; margin-left:-100px; width:100px; top:50%;">
<div id="cuadro1" onclick="mifuncion('<?php echo $nombre1 ?>', '<?php echo $estado1 ?>', '<?php echo $tipo1 ?>')" >Cuadro 1</div>
<div id="cuadro2" onclick="mifuncion('<?php echo $nombre2 ?>', '<?php echo $estado2 ?>', '<?php echo $tipo2 ?>')" >Cuadro2</div>
</div>