Hola:
Échale una ojeada a la guia de Mikmoro
"Migración sin dolor", entenderás la diferencia entre las distintas formas de colocar los elementos de una web.
También es válida esta
otra página.
Para aclararte el funcionamiento de la propiedad z-index, léete
este capítulo, concretamente el apartado 5.8.4.
Saludos.