Es más fácil que todo esto...
Cuando creas el objeto, el primer parámetro es el nombre de tu "textarea", el segundo es el ancho, y el tercero el alto y el cuarto es el tipo de ToolBar que vas ha utilizar.
así tienes un tamaño distinto para cada uno...
Este es el que tengo yo...
Código PHP:
<script type="text/javascript">
var oFCKeditor1 = new FCKeditor('td_add_msg', 500, 150, 'BasicCliente');
oFCKeditor1.BasePath = "../../fckeditor/";
oFCKeditor1.Value = '';
oFCKeditor1.Create();
</script>
Saludos