Tenés que medir el viewport (es decir la zona activa de documento real, no la ventana ni mucho menos la resolución de pantalla) y usar esas medidas.
Esto es Javascript, asique si por ejemplo usaras Prototype podrías solucionarlo asi...
Código HTML:
var alturaResto = 100; //sumatoria de todas las alturas explícitas
$("#cuerpo").setStyle({"height": (document.viewport.getHeight() - alturaResto) + "px"});
y listo, después podrías agregar un escuchador de eventos para que cuando cambie la altura del viewport se reajuste la altura del cuerpo.