Por las dudas lo reexplico. Tengo alta.php, baja.php y funciones.js
Los 2 php usan la misma funcion que esta en funciones.js, crea con ajax varios select dinamicamente. por eso poseen id, name identicos.
Dentro de esa funcion javascript, un if hace referencia a 2 elementos que existen unicamente en alta.php (mensaje, guardar). La condicion del if es correcta ya que puede aplicarse en ambos php
Se entiende mejor.

Ahora como puedo desde baja.php despreciar ese if en cuestion??

(no entendi mucho lo de document.all)