la mayoría utilizan un div con position fixed es algo como lo que estoy creando XDXDXD
luego al flash se le tiene que poner trasnparent en ves de windos asi le permites al div que se pueda poner sobre los demas swf
si quieres ver mas o menos como funciona checa esto lo malo que aun solo esta programado para todos los navegadores menos para el IE que como siempre me da problemas XDXD
http://crea-flash.com/temporal/cfxEditor/