flujo de programa con setTimeout y alert

[ceSharp]

hola flash,

Hasta donde llegan mis conocimientos, setTimeout lo que hace es lanzar la función que le pasas en el primer parámetro ("startRoute()") después del tiempo marcado en el segundo parámetro (5000). Es decir, que no se puede entender como pausa entre una acción y otra (tipo sleep en VB.net). Mas no sé decirte pero creo que por ahí andan los tiros...
por eso sale el alert, cuando lo aceptas sale el otro y cinco segundos después se ejecuta la función.
Que yo conozca no hay ninguna forma de realizar una pausa pura y dura en javascript, solo con el setTimeout pero apuntando a alguna función. pero ya te digo que es lo que yo conozco, a lo mejor si hay forma...

salu2