Código:
...
DropDownList ddlPrueba = (DropDownList)e.Row.FindControl("ddlPrueba");
ddlPrueba.Datasource=Source;
ddlPrueba.DataBind(); Al parecer te falta decirle q te 'pinte' los elementos q le acabas de asignar... incluso asignarle el DataTextField y DataValueField (ejemplo
aqui)
Espero te sirva :)