Hola Torus:
Creo que el principal es top...
Oséa que en tu caso sería: top.location.href=...
Si el "mainFrame" está en un conjunto de marcos deberías poner el sitio según la estructura arbórea de los frames...
parent...maonFrame.location.bla bla...
Cuando los enlaces son con javascript, debes usar ese "sistema"...
en el caso de usar una etiqueta <a> valdría poner target=mainFrame
Saludos