Para copiar el fuente a una variable, utiliza esto ,que te coge todos los cambios hecho al documento:
var fuente="<html>"+document.documentElement.innerHTML +"</html>"
Lo que es el archivo, no se puede modificar asi como quieres, tendrias que guardarlo con otro script, pero te pediria confirmacion de la accion, y eso en la maquina donde se este ejecutado la pagina.
Para recargar la pagina con los cambios debes hacer lo que te dice Panino5001, o mandar esos valores a traves de location.search y despues recogerlos al principio de la carga, un ejemplo:
<script>
window.onload=function()
{
document.getElementById("recoge").value=location.s earch.substring(1)
}
</script>
<label for="ordenes">que ordenas:</label>
<input type="text" id="ordenes" size="80">
<input type="button" onclick="eval(ordenes)" value="ejecuta las ordenes">
<a href="la_pagina.html">recarga la pagina con las nuevas ordenes</a>
las ordenes van separadas por punto y coma, en tu caso podrian ser:
document.getElementById("boton").style.width="100p x"; document.getElementById("boton").style.height="50p x";
o algo por el estilo, como el nombre de una funcion con parametros., pero eso ya es otra historia.
Saludos