mmMMmmmM... a ver... no te vale de la siguiente manera:
undominio.com/prueba/include = .htaccess(deny from all)
undominio.com/prueba/file = -indexes(en tu fichero conf como dijo eulloa)
undominio.com/prueba/sound = -indexes(en tu fichero conf como dijo eulloa)
Si bloqueas el acceso lo 'bloqueas' todo. Puedes hacer que no sean visibles, porque si lo bloqueas no lo puede cargar el navegador, porque no lo deja entrar.
Otra opción que es la que hago yo, es: los archivos que incluyo los tengo en otra parte del PC, dándole al fichero php.ini la ruta de la carpeta a incluir. Y no lo tengo en el mismo directorio de la web
