Muchas gracias, quería poner el código pero es que me daba muchos problemas el sistema anti spam xq no me deja poner urls ni nada de eso.
De todas formas ya lo he solucionado, os explico por si a alguien le pasa alguna vez. El método get para ajax no me permitia mandar semejante cadena, yo lo suponía y por eso ponía POST en su lugar. El problema era que el método POST de ajax no se utiliza así, requiere otra sintaxis que yo desconocía.
Sería
Código:
var parameters="action=filtrar&filtro="+filtroXML+"&cadenaEntidad="+cadenaEntidad;
xmlHttpRequest.open("POST", nombrePagina, true)
xmlHttpRequest.setRequestHeader("Content-type", "application/x-www-form-urlencoded")
xmlHttpRequest.send(parameters)