Hum, de preferencia usa solamente la compresión Zip.
Si, aplana las imagenes y guarda una segunda versión, la primera dejala por si necesitas cambios y esta segunda solamente para asegurarte que estás aplanando bien.
Es un poco de trabajo extra pero te ahorra dolores de cabeza.
Si puedes encontrar opciones avanzadas usa pdf X-1a, y el rasterizado obvio que sea cmyk.
Ojo. Problemas va a haber mil, pero este en particular se soluciona... uno por uno, así es el aprendizaje...
