Esta sería otra opción, pero me parece mejor usar noscript:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>test</title>
<link href="rojo.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<link id="noJS" href="negro.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<script>
onload=function(){
document.getElementById('noJS').disabled=1;
}
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>
Si no hay javascript, la segunda hoja de estilos sobreescribe la primera. Si hay javascript, la segunda es deshabilitada y sólo queda activa la primera (igual, mejor usar noscript).