Hola:
Por ejemplo, puedes usar un array para los errores (y porqué no para los mensajes)... aunque no sé la utilidad que le das a esa variable... pero por ejemplo solo con los mensajes podría ser:
var mensaje = [];
//USERNAME
if ( document.nuevo_usuario.username.value == "")
{
mensaje.push("El campo USERNAME no puede estar vacio\n");
}
//...
if (mensaje.length > 0) alert(mensaje.join("\n"));
return (mensaje.length == 0)
Saludos