Hola,
Tuve el mismo problema y encontré una solución parecida a las ya dadas. Sé que es una respuesta tardía pero en google ésta pagina sale como primer reultado cuando tienes este problema, así que pongo la solución para los que tengan el problema en el futuro.
La solución es poner el window.open en el onClick del enlace en vez de ponerlo en el href, como muy bien dice luiscs. Lo he comprobado y funciona correctamente.
<a href="#" onClick="window.open('ventanaNueva'); return false;">
Un saludo.