Hola:
Los id's no se deben repetir, y si lo que quieres son los valúes del los controles puestos checked, puedes recorrer los controles con el mismo nombre... suponiendo que sean del mismo form:
var resul = [];
fior (i = 0, chk = document.forms[0]["ck[]"], total = chk.length; i < total; i ++)
if (chk[i].checked) resul.push(chk[i].value);
opener.devolver(resul);
window.close();
Otra cosilla, la verdad es que poner los corchetes sin tener la intención de procesarlos con php no tiene mucho sentido...
Saludos
