lo que puedes hacer es poner un prefijo al name del checked como opt- y asi vas con opt-1, opt-2, opt-3 etc.. luego del lado delservidor haces un loop desde 1 hasta 3 y verificas si el checkbox esta o no:
Código PHP:
for($i=1;$i<=3;$i++){
if(isset($_POST["opt-".$i])){
//Insertar a la DB o lo que sea.
}
}
Saludos