A nivel de código de cliente, es bastante similar a codeigniter pero con ciertas diferencias aquí y allá, por ejemplo, en codeigniter usarías algo como esto para cargar una vista:
Código PHP:
class Saludar extends Controller
{
...
$this->load->view('archivo_hola');
....
}
En kohana inicializas la vista en el controlador en vez de cargarla mediante un método:
Código PHP:
class Saludar extends Controller
{
....
$saludo = new View('archivo_hola');
$saludo->render(TRUE);
....
}
Cosas por el estilo.
Internamente son bastante diferentes, codeigniter es básicamente OOP de PHP versión 4 acompañado de funciones (plugins y helpers) lo que hace codeigniter adaptable a gran cantidad de servidores, kohana es OOP de PHP versión 5 lo que implica que solo funcionará en servidores que utilicen PHP 5
Esa diferencia se extiende a toda la estructura interna, kohana usa exception codeigniter emula la clase de exception, kohana usa observers, reflection y similares mientras codeigniter no.
Por ello, kohana permite aprovechar todo lo que el soporte OOP de PHP 5 ofrece lo cual no está nada mal.
Del lado del cliente como ya dije, las diferencias son mínimas, así que si llegaste a utilizar codeigniter no deberías tener mayores problemas.