Mmmmmmm.... pero que necesitas saber exactamente? Saber el sueldo final de los empleados?
Si es asi, entonces solo deberias obtener el descuento actual y supuestamente en la tabla de empleados tienes un campo que represente el sueldo base del empleado, entonces tienes que calcular cuanto se le debe descontar.
Código PHP:
$dctoFinal = ($sueldoBase * $dcto) / 100;
$sueldoFinal = $sueldoBase - $dctoFinal;