Esto es en realidad un problema de programación en PHP y no de bases de datos.
MySQL no es un lenguaje de programación (como no lo son ni Oracle, Posgre o MSSQL Server), por lo que no interviene directamente en la paginación, especialmente en el contexto que estás buscando y sobre todo por la forma de las consultas realizadas.
Si lo que tienes es un problema con la
ejecución de un script de PHP, eso lo deberías preguntar en el
Foro de PHP, donde te responderán mejor. Allí están los expertos en el área y ellos te responderán mejor...