Cuando tu arrancas desde un disquete de inicio de win98 y eliges "Iniciar con compatibilidad de CD-ROM", estas creando una unidad virtual de CD, lo que significa en terminos practicos que puedes al terminar el proceso de arranque (desde el disquete), tu puedes acceder a al contenido de tu CD al igual como al contenido de tu disco duro o disquete:
1) cd f:(la unidad es probablemente f pues la , "C" es la del disco duro primera partición, "D" es la del disco duro segunda partición, "E" es unidad virtual de CD y "F" sería la asignación logica de tu unidad física CD)
2) cd win98
3) instalar.exe
Suerte.