Y si pruebas...
cambiando eval por document.getElementById???
Código:
function Visor (num){
numMolc=4;
var molecula1="jmol1.htm";
var molecula2="jmol2.htm";
var molecula3="jmol3.htm";
var molecula4="jmol4.htm";
for (var i=1; i<=numMolc;i++){
eval("mol"+ i +".className='repose'"); //pongo el enlace en reposo
}
eval("mol"+num+".className='select'"); //pongo el enlace resaltado de la molécula que muestro
parent.document.visorjmol.src="molecula"+num; //en el visor iFrame cargo la molécula correcta
}