Hola, El primero es una expresión javaScript , que dice mas o menos que si tu página crece a lo ancho mas de tantos píxel deje de crecer y se usa por que IE6 no entiende los max y min- width ni min o max- height. La segunda es un comentario condicional que solo leen los IE
De mucha más utilidad que mis explicaciones es este LiInk:
http://www.librosweb.es/css/capitulo...y_minimas.html
Edito:
De todas maneras lo que intentas no es fácil, si difícil es maquetar con tantos por cientos, mezclar tantos por cientos y posiciones absolutas es a mi parecer mas difícil aún.