Hola,
yo uso:
Código PHP:
public void Alert(string message)
{
string Clientscript = "<script>alert('" + message + "');</script>"; //registramos el script
if (!Page.ClientScript.IsStartupScriptRegistered("Message"))
Page.ClientScript.RegisterStartupScript(Page.GetType(), "Message", Clientscript);
}
y lo llamas con Alert("este es mi mensaje");