Hola fbirrer!
No se si te entendí bien.
Si quiero mostrar un "alert" de JavaScript, y lo quiero programar desde code behind, lo haría a través de Arrtibutes del Control. Por ejemplo, para un Button:
Código:
btnEnviar.Attributes.Add("onclick", "alert('Has hecho Click!');")
¿Eso es lo que necesitas?
Saludos.