Sin ver tu código, me atrevo a pensar que es porque no haces visibles los "JDialog".
Cuando se pulse un botón en la ventana principal, en el evento asociado a esa acción, debes de crear un objeto mesa (JDialog) pasándole el padre (ventana desde la que se llama y un booleano). Además tienes que hacerlo visible.
Código:
new miJDialog( this, true).setVisible(true);
(Con this me refiero a la clase JFrame desde la que se crea el JDialog)
Saludos.
(Si no, postea la parte en la que llamas al JDialog)