Si no te aparece nada puedes borrar la carpeta a mano, pues no tienes otra, se supone que al instalar la nueva versión no debería aparecer nada raro... Lo único que te podría dar algún problema es el servicio apache, pero creo que si quedan restos del antiguo, al instalar el nuevo se "machacarían", con lo cual no pasaría nada...
Eso sí, te recomiendo que sigas esta guía para tener todo actualizado:
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