El problema no es el máximo tiempo de ejecución de mysql sino de php.
Se soluciona colocando esta linea al principio de tu script php:
Código PHP:
set_time_limit($segundos);
$segundos es el tiempo que ahora tienes en 30. Pon un número mayor.
Nota:
-Utiliza mejor mysql_fetch_assoc en vez de mysql_fetch_array, ya que este devuelve un array más pequeño, pruébalo.
-El campo CodRF es índice o clave primaria de tu tabla mysql? debería serlo.
Saludos,