Ok lo importante en este tipo de problematica es usar 2 elementos clave de .net
la clase FileSystemWatcher y el como crear un servicio windows que haga uso del mismo para poder enviar los datos de tu folder a sql.
http://www.c-sharpcorner.com/UploadF...w_service.aspx
para el servicio windows y
http://msdn.microsoft.com/en-us/libr...emwatcher.aspx
para el filesystemwatcher