Existen muchas herramientas para ORDBMS y muchas más para DOO. En lo que a mí respecta te recomendaría usar el Enterprise Architect de Sparx, pero éste no tiene versiones libres que puedas usar más de 30 días, y con limitaciones. Y comprarlo esta mucho más allá de las posibilidades de la mayoría.
Lo mejor que puedes hacer es googlear:
Buscar Database design