La interrogante es el separador entre la ruta y el query string. Modrewrite modifica las rutas. O sea, que lo esta haciendo bien. Si lo que quieres es que se añada el query string original a la url generada, entonces puedes añadir el flag QSA
RewriteRule ^algo/(.*)$ ver.php?id=$1 [QSA]
Asi
http://dominio.com/algo/mmm?blabla
pasaria a
http://dominio.com/ver.php?id=mmm&blabla