También podrías usar xajax. Tiene una función alert tal que así:
Código PHP:
require('../xajax/xajax_core/xajax.inc.php');
$xajax = new xajax();
function mifuncion(){
$res=new xajaxResponse();
$res->alert("hola");
return $res;
}
$xajax->register(XAJAX_FUNCTION,"mifuncion");
$xajax->processRequest();
Con eso tienes un alert en php, pero claro, la función se ha de llamar con javascript, o desde un evento onclick, onmouseove, etc...
Aunque no tiene mucho sentido usar xajax solo para usar un alert, para eso es mejor utilizar javascript.
No se si te habrá ayudado...