Joder, mirando tu código el problema es este:
Cita: <!--[if IE 6]>
<style>#main { margin: -170px 0 0 40px;}</style>
<![endif]-->
¿Qué pinta eso ahí? Es justamente lo que le está diciendo que tenga un margen superior de -170px, sólo a IE6.
Y el problema no creo que ocurra a veces sí y a veces no: debe ocurrir en todos los IE6 con que lo mires.
Siempre hay que dar una revisión y limpieza al código para estar seguros de que sólo aparecen las cosas que deben aprecer, ni una más ni una menos.
P.D.: y sí, el moderador de WP tenía prácticamente razón: era un problema de HTML y CSS, no de WP.