Así es y si puedes ver no es en sí problema de interpretadorAjax, si no de como IE maneja el exec, a lo mejor se podría "parchar" un poco interpretadorAjax para que cheque si el script esta vacio y no lo ejecute y solo guarde la referencia.
En cuanto a los CSS, en efecto siempre es mejor traer solo el contenido que vas a cambiar y no toda una pagina web, es un concepto que se conoce como "too much ajax" cuando rompes con la navegación de un sitio web por implementar demasiado AJAX.
Saludos