Esto te insertará ese número y además, si no existe ningún valor para la nueva empresa, pondrá folio 1. En los dos lugares donde pone 3, deberás poner la variable.
Código sql:
Ver originalINSERT INTO tabla(folio, idempresa) (SELECT IFNULL(MAX(folio)+1,1), 3 FROM `tabla` WHERE idempresa = 3)