Saludos
samus_cuco!!
Coincido con lo que se dice arriba, creo que no existe la mejor opcion, sino que la mas adecuada, siempre piensa en que es lo que quieres y luego ve que herramientas tienes.
Por ejemplo, si quieres una pizza tienes dos opciones: La compras hecha, o compras una para hacer. Asi mismo es lo que pides, si quieres que todo se agrande cuando alguien haga crtl + entonces podrias usar el %... Todo es cuestion de gustos y necesidades!!
Espero que te sirva la informacion... Si me preguntas mi criterio, yo trabajo con '%' y 'px' en los divs y con 'em' para las fuentes.
Hasta Luego!!