Hola amigo... Te comento que cada uno maqueta las webs a su manera, la mejor forma es la que logras que el HTML este lo mas limpio posible...
Cita: Debo recortar varias veces el template?
En mi opinion es completamente recomendable recortar los fondos y las imágenes de forma que se ahorre la mayor cantidad de tamaño.
Cita: Dejo transparente el fondo de cada cosa?
Esto depende de que estas hablando en general se coloca un fondo y luego todo lo que corresponde a texto no tiene fondos, sino que complementan al fondo que colocaste por debajo.
Esta respuesta es relativa, y depende completamente de el elemento HTML que sea y del diseño que se le quiere dar Cita: Los textos que tienen efectos que no puedo emular en css los recorto como imágenes?
Efectos de que clase? si te refieres a algun degrade por ejemplo, es la unica que queda.
Pero no abuses de ello, utilizalo solo en caso de encabezados y cosas importantes porque la web se vuelve mas pesada y ademas pierdes mucho en lo que es el posicionamiento con respecto a los buscadores
Cita: Como le creo un link a una imagen en css?
no se a que te refieres pero esto es completamente correcto:
<a href="midestino.html"><img src="miimagen.png" alt="mi imagen"/></a>
Esto hace un link que va dirigido a "midestino.html" cuando le haces clic a la "miimagen.png"
Saludos y espero que te sirva