Hola que tal puedes procesar los datos primero en javascript para asegurarte que si existen las comas sean sustituidas por algun otro carater no utilizable(no aceptble en tu formulario p.e. $ o #,*, etc)
Código PHP:
//Codigo JS: sustimos en las , por $
str = new String(str.replace(",", "$"));
por ultimo no te olvides de restablecer tus comas cuando proceses los datos con php
Código PHP:
// Codigo:php
$datos_formulario = explode(",",$_POST['my_data']);
$categorias = explode(",",$_POST['cats']);
// por ejemplo si la vamos ocupar para mostrarla simplemente
foreach($categorias as $item)
echo str_replace ("$",",",$item)."<br>\n";
Creo que no es la mejor solucion pero igual y se puede adaptar si es que tienes una lista de caracteres no validos y si previamente validas dicho datos te funcionara.
bueno suerte espero te sirva !