ordenar y luego agrupar

[jurena]

Como te dice huesos52, aunque si tienes id auto_increment en la tabla_nueva y quieres evitar problemas como choque de números... quítalo, pues no querrás repetir ese dato, imagino. No lo he probado.

INSERT INTO tabla_nueva (num_factura, fecha) (SELECT facturas.num_factura, facturas.fecha
FROM facturas
INNER JOIN (SELECT MAX(fecha) FECH, num_factura
FROM facturas
GROUP BY num_factura) t1 ON t1.num_factura = facturas.num_factura AND t1.FECH = facturas.fecha
ORDER BY facturas.fecha DESC);