No pude solucionarlo con eso...
Les dejo el codigo a ver si se dan cuenta...
Otra cosa, vieron cuando hago el echo de la variable direccion encima del boton input, en el codigo fuente del navegador tambien aparece el salto de linea entre google y yahoo(hay incompatibilidades entre ellos

jeje).
Código PHP:
<?
$i = 0 ;
$Archi = fopen ("direcciones.txt",r);
While ( !feof($Archi))
{
$cadena= fgets($Archi, 999);
$position = strpos($cadena,",");
if ($position != 0)
{
$letra = $letra . substr($cadena,0,$position) . ",";
$direccion = $direccion . substr($cadena,$position+1) . ",";
}
}
$direcciones = str_replace("\n", "", $direcciones);
echo $direccion;
?>
<form name="Formulario">
<input type="button" value="Cargar direcciones" onClick="armararrays('<?echo $letra;?>','<?echo $direccion;?>');">
</form>
</body>
</html>