Hola Cox, llevo muy poco con VB pero creo que lo que necesitas es llamar a la función Shell cuando cargues tu aplicación o cuando abras un determinado formulario. Algo así:
Código:
Private Sub Form_Load()
Shell("C:\micarpeta\miprograma.exe", 1)
End Sub
Lo que va después de la coma (1) es el modo en el que se verá el programa y también puedes utilizar vbNormalFocus, vbMinimizedFocus, vbMaximizedFocus, vbNormalNoFocus, vbMinimizedNoFocus. Para que abra un archivo determinado hay que utilizar ShellExecute, pero no sé la sintaxis.
De todas formas te recomiendo que busques por los foros documentación sobre la función Shell, ya que como te he dicho llevo poco tiempo programando.
Espero haberte sido de ayuda.