Ese código es solamente para evaluar Javascript, no puedes evaluar desde javascript código PHP es imposible.
Por otro lado, esos eventos una vez que evaluas la pagina se deberian de ejecutar, aunque no entiendo si estas trayendo desde AJAX otro <body> por completo entonces tienes un problema a nivel DOM y es por eso que no se ejecuta correctamente ya que ya tienes un <body> activo.
Saludos
