prohibir que vean mis archivos, carpetas

[miros84]

Hola. No se si este tema va aqui. Lo que quiero saber es como prohibir que los demaz vean mis archivos cuanto acceden a alguna carpeta mia. La unica manera que yo se es creando un archivo .htaccess poniendo est:

<Files *>
order allow,deny
deny from all
</Files>

Es que como me han metido un archivo php y me han distruido como 15 carpetas con sus 15 index.php, supongo que han sabido de mias carpetas como se llaman y todo esto, por que han visto los archivos que contienen y las subcarpetas. La idea es si hay algun metodo para en caso de que me meten algun archivo en alguna carpeta que no me afecte todas las carpetas y todo los index.php. Es decir si tengo algun problema por seguridad en alguna pagina web, en una carpeta concreta, es limitar eso a esa carpeta. No se si eso se puede hacer. Y tambien prohibir que se me cambien los archivos index.php, porque es que me los han sustituido por otros los hackers. me podeis dar alguna idea? Tengo el safe_modo en ON, aun que no se para que sirve esto.