Ya he conseguido solucionarlo, muchas gracias.
El problema venia por la configuración del php que no permitia rutas en la funcion include.
Al final lo he solucionado de esta forma, todos los inludes
Código PHP:
include($rot.'archivo');
y en
$rot la he definido segun la estructura de las carpetas, si es en la principal nada, una mas adentro $rot='../';
Salu2 txetxol - txo