En lugar de poner el onload="init(...)" en el tag del body, haz esto:
1. Incluye tus scripts en este orden: prototype, scriptaculous, lightbox, bbcode
2. Al final de bbcode añade esta línea:
Código:
Event.observe(window, 'load', function() { init('Comentarios') }, false);
3. Planteate la posibilidad de darle a la función init un nombre un poco mejor como initBBCode o algo similar. (O incluso de reorganizar bbcode.js pero eso ya es más trabajo)