Si bien entiendo el problema que tienes es que si en tu dominio:
www.dominio.com alguien coloca
www.dominio.com/carpeta, lo que aparece es el listado de la carpeta con los archivos contenidos en esta...
Si es asi, ese es un problema de configuracion del servidor, lo ideal seria que contactes al administrador de este para que desactive el index of de las paginas.
Lo otro seria que crees un index.html vacio, en cada una de las paginas donde no tengas un idex, de manera que si alguien intenta acceder, no vea nada... O incluso lo haces con redireccion, para que cualquiera que quiera entrar a la carpeta sea redirigido al index de la web...
Espero ayudar en algo, saludos